Prema pisanim dokumentima, samostan u Portu postoji više od 500 godina. Navodi se da su tu prije godine 1480. živjeli redovnici, samostanski trećoredci Sv. Franje. Tada je na mjestu prvotne male kapele sagrađen novi samostan. Otprilike tada sagrađen je i dio sadašnje crkve (kasna gotika), a nedugo potom podignut je novi glavni oltar i na njega postavljen veliki poliptih koji i danas tamo stoji, a djelo je venecijanskih majstora Girolama i Francesca da Santacroce. Na sjevernoj strani crkve oltar je Sv. Nikole s kipovima Sv. Franje i Sv. Antona, a na južnoj je strani oltar Sv. Roka. Godine 1850. u samostanu je izgrađen veliki toš - mlin i tijesak za bržu i lakšu preradu maslina, kojim se koristio ne samo samostan već i cijeli Porat, a sačuvan je u izvornu obliku do naših dana. U podrumu samostana uređen je samostanski muzej koji s tošom i izlošcima predočuje vjersku, kulturnu i gospodarsku prisutnost fratara trećoredaca u Dubašnici, poglavito u Portu. U glagoljskome lapidariju samostana nalaze se kopije najstarijih i najvažnijih hrvatskih glagoljskih natpisa. Tu su franjevci trećoredci kroza stoljeća čitali i pisali, pjevali mise, kazivali oficije i pisali glagoljskim pismom.

U atriju samostana i u crkvi sv. Marije Magdalene održavaju se brojne kulturne manifestacije, koncerti klasične i tradicionalne glazbe.